William Nogaret era conselheiro de Felipe IV e foi enviado para Roma como embaixador real francês para discutir uma possível revogação dos impostos em troca do perdão. Na verdade, o objetivo de William era prender Bonifácio e leva-lo até a França onde ficaria em cativeiro até sua renuncia ao cargo papal. Ele viajou por todo norte da Itália onde conseguiu seguidores inimigos de Bonifácio mas logo, o séquito de 160 homens, foi descoberto e enunciado ao papa quando estavam nos arredores da capital da Santa Sé. Bonifácio logo fugiu para Anagni, sua cidade de nascença e onde possuía um castelo da qual utilizaria como esconderijo, mas isso não impediu que William o perseguisse e invadisse o castelo capturando-o. Esse episódio foi conhecido como Atentado de Anigni ou Agressão de Anigni, onde há certo debate sobre o que teria acontecido com Bonifácio. Uns defendem que o nome apenas se trata de um golpe dado ao poder papal enquanto outros concordam com uma agressão física, especialmente por Sciarra Colonna que era rival de Bonifácio e pediu para William mata-lo. Seguindo as ordens de Felipe, William recusou e disse que este era muito velho e iria apenas leva-lo para França. Em sua saída da cidade teve problemas com a população local que começou a agir em prol de Bonifácio armando-se e tacando pedras sobre o séquito de 160 homens. William foi obrigado a fugir e Bonifácio escapou de ir para o cativeiro, antes de sua viagem de volta pra França Bonifácio morreria de idade avançada dando espaço para uma nova eleição papal.
Felipe tinha o objetivo de colocar um papa pro-França no poder desde o início, então, a derrota de William não havia prejudicado seus planos após a morte de Bonifácio. Agora ele estava diante de uma de suas mais importantes manobras para subverter a relação entre papa e rei quebrando assim o poder temporal da igreja na França. Infelizmente, para Felipe, um novo papa foi rapidamente eleito, este era Benedito XI que mantinha uma posição similar a de Bonifácio negando a compensação pedida por William e Felipe pelos conflitos com o papado anterior e, indo ainda mais além, expedindo uma Bula papal (Flagitiosum Scelus) culpando-os pela morte de Bonifácio após agressões em Anigni. Em 7 de Julho de 1304, oito meses após ser eleito, Benedito morre. A partir dessas novas eleições que Felipe conseguiu, finalmente, influenciar arcebispos franceses para eleger um papa francês, Clemente V que agiria como uma marionete de Felipe para suas futuras ações.
Clemente V perdoou Felipe de seus atos que levaram Bonifácio a excomungá-lo e deu uma nova interpretação a bula Clericis Laicos do mesmo. Dentro outras medidas como apontar 6 cardeais franceses e desvincular a morte de Bonifácio a agressões em Anigni a mais marcante foi a autorização da perseguição da Ordem dos Templários sobre o pretexto de heresia. Foi ato da qual seguia as tentativas de Felipe de melhorar a situação econômica da França, antes havia tomado as poses judias e agora fazia o mesmo com a ordem que possuía bancos e diversos estabelecimentos comerciais no reino. Muitos templários forma julgados e queimados em fogueiras, o Grão-mestre Jacques de Molay teria dito diante de seu julgamento onde confessaria seus crimes diante de deus que apenas seria julgado pelo verdadeiro deus. Uma alusão aos atos de Clemente como peão de Felipe. Depois de um pouco mais de um mês Clemente V morreria em seu cativeiro em Avignon onde toda a corte papal foi movida após a eleição do mesmo e oito meses depois, com 46 anos , Felipe morreria. Espalhou-se na França de que se tratava de uma maldição imposta por Molay e que era uma punição divina sobre os atos do Rei de Ferro. De 1318 até 1378 a sede do papado estava em solo francês e Felipe havia atingido seu objetivo principal e havia criado a base para a formação do Absolutismo francês.
A França teria formado seu absolutismo tão precocemente quanto a formação de seu feudalismo se não fosse pelo fato de, a partir de Felipe, o trono passaria rapidamente por seus filhos que morreriam muito jovens e sem herdeiros do sexo masculino. Até aos nobres mais distantes na Alemanha discutiam sobre o fato ser uma punição sobre seus atos contra a Ordem dos Templários. Quando sua linhagem capetíngia masculina fora extinta, subiu ao poder um descendente de um braço irmão da dinastia, Felipe VI de Valois, sucessão essa que daria origem a Guerra dos 100 anos.
Em 1378 Gregório XI retornaria para Roma e o Cisma se iniciaria.
