Dom João VI falece no dia 10 de março de 1826 em Palácio de Bemposta.
Em quatro de Março o monarca português começou a sentir-se mal após um almoço e retirou-se no Palácio de Bemposta, sua filha a Infanta Dona Isabel Maria foi designada Regente do Reino com um conselho de Ministros no dia seguinte.
Às 5 da manhã do dia 10 após o quadro de Dom João VI ter se agravado ele faleceu, de causa até 1993 desconhecida, quando um pote contendo suas vísceras foi analisado e comprovou a tese de envenenamento por arsênico.
Os últimos anos do Rei de Portugal foram conturbados devido às conspirações de seu filho o Infante Dom Miguel. Em 1823 numa operação militar chamada Vilafrancada foi restaurado por seu filho como monarca absoluto, no mesmo ano mais tarde em outra operação chamada Abrilada também liderada pelo Infante, com o intuito de fazê-lo abdicar, foi detido em Bemposta. Vitorioso com ajuda dos ingleses exilou Dom Miguel, porém enfrentou ainda mais uma conspiração, vindo de sua esposa, a Rainha Dona Carlota Joaquina que foi detida no Palácio de Queluz.
Com sua morte a Infanta Dona Isabel Maria assumiu o governo interino e seu irmão o Imperador Dom Pedro I, foi declarado Dom Pedro IV de Portugal para quem foram enviadas as diretrizes.
