O Marquês de Caxias é nomeado Comandante-Chefe das Tropas Imperiais no dia 10 de outubro de 1866.
Após a vergonhosa derrota em Curupati a Argentina começa a ter uma participação menor na Guerra do Paraguai, assim como o Uruguai, com forças simbólicas ou representativas. O Comandante-Chefe do Exército General Osório, Barão do Herval, havia tido desentendimentos com o Presidente Argentino Bartolomeu Mitre no comando supremo das tropas da Tríplice Aliança e havia sofrido ferimentos na Batalha de Tuiuti, por isso o Imperador nomeia o Marquês de Caxias como Comandante-Chefe das tropas Imperiais.
Caxias encontra o exercito estagnado e mal organizado após a derrota. O Marquês o organiza o exército, organiza o corpo de saúde e abastecimento, acalmou a Esquadra Imperial que estava ressentida com o comando de Mitre e introduziu a estratégia de cerco para as trincheiras e fortes dominados pelos Paraguaios. De fato atuou como Comandante-Chefe Geral da tropas Aliadas com a ausência de Mitre, porém só foi oficializado em 9 de Fevereiro de 1868.
As ações do Exército Imperial só voltaram em Julho de 1867, neste meio tempo o Ditador López reorganizou suas tropas na Fortaleza de Humaitá.
